城市生态修复的过程,是以生态城市为发展目标,对城市现有的物质环境进行优化更新,恢复城市生态系统的功能,促进城市社会、经济、自然系统协调、有序状态演进的过程城市生态系统的退化往往是因为多种生态要素和生态功能的退化,对于区域生态修复工程,需辨析系统退化的主导因素,发现环境恶化的主要问题,从而确定主要的恢复对象和工程内容。
国外的城市生态修复工程常常是结合生态规划同时进行,在完成生态系统功能修复的同时,实现城市的有机更新,将生态规划、环境整治、生态恢复一系列方法结合,营建自然协调的城市环境,并通过广泛的公众参与加强生态恢复成果的效应。
城市生态系统不同于自然界的生态系统，系统内部的结构、功能较自然界简单，城市生态修复一般认为包含四个方面的内容：山地生态修复、水体生态修复、棕地生态修复、绿地系统生态修复。城市水体参考成因的自然属性进行分类，可分为四个类型：河流、湖泊、湿地、滨海。
城市生态修复的难点：修复的目标难以确定。退化生态系统修复可能的发展方向。保持生态系统的原状、减慢生态系统的退化、生态系统退化前的状态、介于生态系统退化前与原状之间的状态。人们从事的生态修复目标定为哪个阶段，为什么定于这个阶段难以界定。
生态修复技术难度较大。生态系统的修复是一个“私人定制”需要因地制宜的过程。河流的生态修复与山体的生态修复从目标、对象、技术手法有根本的区别。即使同是城市河流生态修复，大江与小河的修复手法也不同；河流动植物的发育阶段不同，修复方法也有差别。所以，生态修复的技术难度较大，需要针对不同的问题做专门的研究调查，一对一定制。
难以客观准确的进行修复后的评价。生态修复作为针对自然过程的一项工作，没有一定的技术手段，是一项极为困难的工作，修复以后针对不同的评价标准，有较大的评价结果差别，目前从世界范围看，修复效果评价临巨大挑战。尤其是我国的生态修复工作，缺乏相关系统数据支撑。
水量减少。城市人口增加、产业用水剧增，导致水量减少；水利工程设施的建设造成江河湖泊的阻隔，彼此之间失去了系统的联系，造成水量减少。使城市水系统的水文条件等发生变化。
水体的污染。由于人类活动而排放的污染物进入河流水体，超过了河流的自净能力，使水体和底泥的物理、化学、生物性质发生变化，从而降低了水体的使用价值，使水系统结构和功能发生改变。
植被退化，动物栖息地被破坏。城市对水资源的利用强度和对水环境的干扰力度不断增加，水生态系统植被缓冲带的植物减少，整体的植被出现退化，导致动物栖息地破碎化，引起适宜生境空间格局的变化。
城市生态景观缺失。原本清澈的河流水量减少，水体被污染，植被退化、动物栖息地被破坏、固体废弃物等丢弃，污水留下黑色的沉淀物，严重损害了城市生态景观。
