矿产资源生态补偿是指对矿产资源开发过程中造成的生态破坏进行赔偿和对生态环境进行治理恢复。完善的矿产资源生态补偿制度能够有效减少和遏制矿产资源开发利用过程中对环境的破坏。然而，我国矿产资源生态补偿虽已开展多年，却进展缓慢。 目前，我国矿山环境治理面临的问题包括矿山复垦率低，环境治理未纳入企业职责范围;矿产资源生态补偿没有形成真正的法律制度;资金筹措欠缺良性运行机制，专项资金来源单一;环境治理和生态恢复所需资金没有纳入补偿费支出范围，且征收标准低;专项资金无法满足生态修复实际需求等。
对于如何建立矿产资源开发生态补偿机制以及如何改变矿产资源生态补偿步履蹒跚局面，随着《生态补偿条例》立法的启动，我国应当加快在矿产资源生态补偿领域立法和政策的统一。以《生态补偿条例》为核心，建立健全配套的法规体系。国家层面应分别制定《矿产资源生态补偿保证金管理办法》等单行立法及实施细则，地方也要结合各地的实际情况具体制定各地的实施办法，以使生态补偿实践有充分的法律依据。 同时，由于我国行政管理机构设置中存在的按资源要素分工的部门管理模式，强化部门利益、弱化统一监管很容易出现部门分割，难以形成一个有机联系的整体，因此必须建立符合我国国情的矿山环境治理与生态恢复行政部门间的协调机制。
我国资源开发的历史特点决定了矿山生态环境的破坏既有历史的“旧账”，又有不断产生的“新账”。过去，矿山企业开采的利润都上缴国家，企业只负责生产。因此，过去企业产生的生态损害“旧账”要企业自己背负显然是不合理的。 过去计划经济条件下产生的矿山生态损害应由国家作为补偿者承担补偿与修复责任。可以通过设立“废弃矿山生态恢复治理基金”，逐步恢复治理过去计划经济条件下产生的矿山生态损害，实现对过去生态损害“旧账”的补偿与修复。基金的主要来源之一是向正在生产的矿山企业征收废弃矿山生态补偿费。
根据相关研究，生态补偿费的标准应为吨矿售价的1%以下，其实质是由生产矿山主为当代和祖辈矿业开采所造成的生态损害历史“旧账”给予一定补偿或义务性赞助。同时，改革现行的矿山企业成本核算体制，将矿山企业的生态环境补偿与修复费用纳入矿山企业成本。在现行的矿山企业成本核算体制中，矿山企业的生态环境补偿与修复费没有纳入矿山企业成本，企业对破坏生态环境的恢复治理成本没有内部化，不利于调动矿山企业的积极性，也不利于促进矿区生态环境的修复，应进行改革。 我国矿山多数位于偏僻山区，地理位置远离经济发展中心，整治出的土地商业价值相对不大。一些专家认为，为克服这一矛盾，可以考虑将矿山复垦与效益较高的建筑用地复垦或工业用地复垦进行同步销售，使复垦后开发土地的收益能够弥补矿山复垦的亏损。也就是探索矿山治理项目的资源化和市场化途径，建立煤矿区复垦和高效益复垦同步销售机制。
