食藻虫控藻是水生态修复的一种生物治理技术。其原理是首先利用食藻虫摄食藻类，降低密度，提高水体的透明度，为水下沉水植的生存创造条件，再利用沉水植被为主的水生植物吸收氮磷营养物质，降级富营养化程度，然后逐步引入挺水和浮叶植物、浮游动物、鱼虾类、螺贝类和有益微生物群，通过优化营养结构，构建功能完善的生态系统增强自身调节能力，巩固和维护生态修复后续自净效果，同时改善美化水下自然景观。
水体富营养化破坏了水体原有生态系统的平衡，给环境带来诸多危害。对受污染的江河、湖泊、水库水体进行修复，是经济社会发展以及生态环境建设的迫切需要。生物修复技术投资少、运行方便、能耗低， 是一条十分合理的水体污染治理路线。在水生态修复过程中应避免采用单一的修复方法。水生植物修复、微生物修复及水生动物修复并不是相互孤立的，水体中任何生物种类的变化均会影响其他生物种群和数量的改变。因此，多种生物修复技术可以同时采用，或与其他修复技术结合使用，使其取得更好的修复效果。在运用生物修复技术对富营养化水体进行治理的过程中，也要考虑到物种之间的相互影响和生态安全。
食藻虫是一种常见的低等咸淡水甲壳浮游动物，生存周期是45d，在世界范围内分布广泛。经人工驯化改良后，食藻虫比天然个体体积大，摄食能力强，适应藻类爆发的水体环境，能将蓝藻胶团中滤食性鱼类不易消化的胶状物质消化吸收，成为蓝藻的克星。因此，食藻虫在食藻虫控藻的水生态修复技术中处于核心地位，食藻虫控藻是整个水体修复过程的前提和基础，至关重要。藻类被食藻虫摄食后，将藻体有机物质同化，避免了化学药剂或生物制剂控藻后产生的藻体腐化污染问题。经过食藻虫控藻后，水体清澈，补偿深度加大，为水生植物生长创造了适宜条件。需特别指出的是，食藻虫的使用不会造成生态安全问题。因为食藻虫原种在我国分布广泛，并不是外来种，不存在生物入侵问题；其次，在生态修复后期，当水体富营养程度下降导致蓝藻无法大量繁殖后，食藻虫也将因得不到足够食物难以维持种群增长，生物量必然下降。同时，生物多样性恢复后，水生昆虫和一些鱼类成为食藻虫的天敌，能抑制食藻虫种群。
食藻虫控藻的方法在水生态修复技术发展了十余年，在天然水体和景观水体的生态修复方面发挥了积极作用。
