河流生态系统非常复杂，具有动态性、复杂性和非线性等特点并且非常多变，在这些条件下就增加了河流生态修复工作的难度。关于如何修复河流生态系统，国内外的专业人士进行了大量的研究以及实践，留下了丰硕的成果和一些宝贵的经验。国外对河流的生态修复发展较早。国外在对河流生态修复技术、河流生态评价及河流生态修复后评估方面等方面的成果，可以为我国正在广泛开展的水生态修复工作提供参考。
欧洲、美国和日本等发达国家，自20世纪60年代就已认识到河流生态环境已经遭到人类破坏的问题，很早就积极地开展生态修复的相关研究与实践。至今，在河流生态修复现状调研、科研、实践等活动开展得较多，研究比较深入，基于多种目标的各种修复技术已得到研发，大型河流的生态修复工作也已有不少实际的例子；如：密西西比河、莱茵河等为典型代表的许多河流修复工作相对比较具体、细致，并且这些修复活动大多取得了良好的生态环境效益。
我国河流生态修复方面的研究起步较晚，早期的研究中主要是注意到了河流生态系统单一的某个方面的功能，如河岸植被特征及其在生态系统和景观中的作用，基于景观生态学相关理论的河流整治方面的探讨，河岸带的植被的特征和保护，河岸带功能及管理，另外还有一些基于水污染治理的角度的研究，如对受污染河道生态修复机理机制的探讨。近年来，河流生态修复已经成为水利学和生态学领域学术讨论的热点问题。我国水利学者和生态学已经认识到水利工程对河流污染产生的严重影响，从不同角度积极阐明开展河流生态修复研究的重要性。总体上讲，我国河流生态修复工作虽起步较晚，但发展迅速，但仍处于起步阶段，进入21世纪以来至今的10年间，河流生态修复与保护已经引起社会各界的重视，并相继开展了许多研究与实践活动。2000－2005年主要为该项工作在我国的萌芽阶段，该阶段的主要研究工作是学习国外在该领域的成果，并形成针对我国河流现状、治理目标及面临问题的学术见解；2005年至今，随着研究的进一步深入，我国的河流生态修复理论与实践活动由初始的理论探讨、整治框架阶段向具体的修复方法、手段和技术转变。
纵观国内外的相关研究成果，国外研究相对深入，理论、技术、方法的研究比较多，且在实践中应用较广，经验积累比较丰富。目前，我国很多城市都相继开展了城市河流修复工作，但大多停留在模仿国内外已有案例的初步尝试和探索阶段，较少从城市河流所处地区特点出发，深入研究城市河流的生态系统问题，河流的生态数据尚缺乏，生态因子和水动力因子之间的联系尚需进一步掌握，并需要开发适合我国河流的评价指标和生态修复方法等。
目前阶段，国内河流生态修复存在的主要问题有:缺乏对河流生态过程修复的机理研究；缺乏从大尺度流域角度考虑河岸、河内、上下游的整体生态修复；当前的研究大多只停留在对河流某一指标的生态修复，未考虑河流的整体生态系统修复。
河流生态系统具有动态性、复杂性和非线性等特点，且生态系统构成因素众多，相互之间作用关系复杂，因此，给相关研究工作带来了挑战。今后的河流生态修复工作尚需将水利工程规划、建设、运行过程与生态学相关学科相融合，通过研究大量既有资料和开展长期监测，掌握关键生态因子的生存规律；积极开展相关问题的实践活动，为相关理论的研究积累经验和奠定基础；不断研发适合不同河流特点的河流生态修复的理论、技术和方法；开展长期监测工作，掌握生态系统修复后的动态演变过程，并不断吸取经验教训，进一步指导河流生态修复工作；形成完善的生态系统修复评价的指标体系，从宏观上能够对生态系统修复状况准确把握。
